Espacio Alquimista: Jalisco, Mx

Dos años antes, durante los eventos en Final Fantasy VII...

Sephiroth, el "más grande soldado que jamás haya habido", ha invocado la técnica de máxima destrucción, "Meteorito" para causar un máximo daño al planeta que le permita ubicarse frente a toda esa liberación de energía y convertirse en un dios. El protagonista del juego, Cloud y sus amigos logran detener al villano, mas no a tiempo para evitar que Meteorito alcanzara el planeta. Qué sucedió después no se supo hasta hace poco (el juego original fue lanzado en 1996 en Japón, 1997 para tierras europeas).

Debido a la enorme colisión de energías cuando la Corriente Vital emergió del planeta para detener a Meteorito, las células de JENOVA, la entidad maligna atrapada en el planeta y que había guiado a Sephiroth, se han dispersado por el planeta y han infectado a mucha gente, particularmente a niños. Aquellos que sufren este mal, colectivamente conocido como Geoestigma padecen gran sufrimiento y expansión de las células de JENOVA como un tumor en sus cuerpos.

Los personajes del juego se han disgregado para continuar sus vidas. Tifa y Cloud cuidan a Marlene mientras Barret busca petróleo y adoptaron a Denzel un joven huérfano, estableciéndose cerca de Midgar, pero Cloud está cada vez más distante, tomando un empleo como repartidor para alejarse de la ciudad. Poco tiempo después Denzel cae enfermo por el Geoestigma.

Barret se ha ido en busca de nuevas fuentes de energía que no dependan del Mako (el flujo de vida concentrado). Yuffie ha vuelto a Wutai, su tierra. Cid Highwind ha vuelto a su ciudad a iniciar la construcción de una nueva aeronave. No se ha sabido de Nanaki ("Red XIII") o de Vincent pero se puede apreciar a red con dos cachorros (es de suponerse que son sus hijos) subiendo a una montaña cercana a Midgar (500 años después de lo sucedido en Final Fantasy VII de PSX) y rugiendo ante sus ruinas en la primera escena de la película.

Los remanentes de Shinra Inc. la compañía poderosa que controlaba la generación de energía basada en Mako (cristalización de la Corriente Vital), son enviados al Cráter del Norte a buscar rastros de JENOVA para llevar a cabo una investigación... pero son atacados por extrañas figuras en el momento que encuentran el contenedor de "Ella" ("JENOVA", la Calamidad del Cielo). Tseng queda herido y Elena llama por él. El vehículo de los Turcos escapa con sólo Reno y Rude.

Historia 

La película inicia dos años después de los sucesos ocurridos en el juego, con el protagonista Cloud, quien vive ahora solo en la abandonada ciudad de Midgar. Los supervivientes del desastre de hace dos años se han movido a las afueras de la ciudad creando un megasuburbio llamado Edge (borde en inglés). Cloud vive solo, habiéndose aislado de sus compañeros, en particular de Tifa y de Marlene, debido a su depresión por no haber podido salvar ni a Aeris, ni al mundo, "ni a nadie" (en sus propias palabras). Mientras sale de la ciudad, es atacado por tres extraños sujetos quienes le recriminan el estar escondiendo a "Madre", pero Cloud no sabe de qué están hablando. Tras sobrevivir al ataque, Cloud recibe una llamada de Tifa, quien le envía un mensaje de los Turcos para reunirse en un hospital del norte para un encargo.

Al llegar Cloud es confrontado con una misteriosa figura protegida por los Turcos y a quien Cloud reconoce como Rufus Shinra, el último presidente de la compañía y quien en el juego tuvo un rol vital en el último ataque contra Sephiroth. Ahora Rufus se encuentra postrado en una silla de ruedas debido al ataque de Arma a la ciudad de Midgar, además de estar infectado con Geoestigma. Rufus clama que "alguien" les ha robado "algo" importante relacionado con "alguna" investigación que Shinra lleva a cabo sobre los efectos del Meteoro: JENOVA y el Geoestigma. Es su responsabilidad colaborar con el planeta restituyendo por todo el mal que su compañía causó, y trata de convencer a Cloud de trabajar como guardaespaldas por ser "el último SOLDADO". Cloud no quiere colaborar, ni mucho menos cuando los Turcos le confirman que Shinra intenta levantarse de las cenizas.

Al salir de vuelta a Midgar, Cloud pasa por el lugar donde está clavada la Buster Sword de Zack que ha dejado para marcar el lugar donde su mejor amigo y mentor, murió tratando de salvarle la vida. Cloud reafirma su intención de vivir por los sueños de Zack, antes de ser debilitado por la infección del Geoestigma.

Tifa se encuentra con Marlene en la iglesia de Midgar donde Aeris tenía un jardín, descubriendo que Cloud vive ahí y que está infectado también con Geoestigma. Tifa es confrontada por Loz, uno de los tres atacantes de Cloud, quien pregunta por éste. Tras darse cuenta que no hay nadie más que Tifa, Loz se enfrenta con ella. Pese a que Tifa usa sus habilidades de combate y sus Limit Break, Loz se encarga de ella y luego secuestra a Marlene y roba la ‘’materia’’ de Cloud tras recibir instrucciones de alguien por teléfono. Mientras eso sucede, Yazoo se lleva de la ciudad a los niños infectados con la promesa de una cura. Kadaj el líder de los tres atacantes, encuentra a Rufus y lo amenaza con torturar a dos de sus asistentes, Elena y Tseng, si no le es entregado "JENOVA".

El secuestro de los niños escogidos y la verdad sobre el Geoestigma

Cloud se encuentra con Tifa al regresar a Midgar, pero antes que pueda hacer algo cae por los efectos del Geoestigma. Despierta en su casa junto con Tifa, Reno y Rude, quienes convencen a Cloud de ir a la Ciudad de los Olvidados que es donde Kadaj ha reunido a los niños con el pretexto de repetir la "Reunión" (el efecto instintivo de las células de JENOVA de volver a reunirse, aun cuando están dispersas en varios cuerpos, organizándose así en un ser tremendamente poderoso y destructivo), donde ellos mismos pretenden convertir sus cuerpos en la vasija que dará origen al nacimiento. En el intertanto, Reno y Ruden van a buscar información con Rufus.
Cloud llega a la ciudad escondida a confrontar a Kadaj, pero éste, potenciado por la ‘’materia’’ robada, controla a los niños al haberlos infectado con su voluntad asociada a JENOVA y los usa como escudo humano. Cloud confronta a Yazoo y Loz a la vez usando su espada Vigilante la cual puede ir ensamblándose a otras piezas para formar una espada mayor. Sin embargo Cloud pierde el control de la espada y se queda solo con la hoja central y una hoja de asistencia con las cuales confronta a ambos enemigos, hasta que al tratar de atacar directamente a Kadaj, es repelido y noqueado instantáneamente. Sin embargo, antes de que Kadaj del golpe final, aparece una sombra roja que se lleva a Cloud. Es Vincent quien explica a Cloud que ha seguido a los atacantes y que ha rescatado a Elena y Tseng.
A continuación, Vincent revela la dinámica de Geoestigma: las células de JENOVA entran al cuerpo humano y el sistema inmunológico humano trata de repelerlas causando agotamiento y sufrimiento a los enfermos. Si esas células se unificaran, podrían recrear lo mismo a JENOVA que a Sephiroth. Marlene aparece habiendo escapado de los raptores y Cloud se la lleva de vuelta a la ciudad con el compromiso de hacer lo posible para resolver la situación.
En Edge ya están los tres atacantes que nuevamente usan a los niños como escudo y con su ayuda invocan criaturas para alejar a la población, pero antes que puedan actuar aparecen Reno y Rude para retrasarlos. Kadaj, tras discutir con su nuevo rehén Rufus, invoca al dragón rey, Bahamut SIN a quien ordena buscar a JENOVA en un mausoleo en conmemoración de los supervivientes de la Caída del Meteorito dos años antes, pero no hay nada ahí. Tifa aparece para rescatar a Denzel y ambos son atacados por Bahamut, pero reaparecen los viejos compañeros de hace dos años para ayudar, empezando con Barret, Yuffie (quien clama que le han quitado "su" Materia, referencia a sus actitudes durante el juego), Red XIII y Cait Sith (Reeve Tuesti controlando a la criatura en forma remota). Vincent y Cloud llegan a la ciudad y todos los personajes se reúnen para combatir a Bahamut. Mientras Barret enfrenta a las criaturas invocadas por Kadaj, Vincent distrae al monstruo para que Cid, Red XIII y Yuffie le ataquen, sin embargo no logran hacerle un daño significativo. Al llegar Cloud, sin embargo, une dos hojas a Vigilante para atacar a Bahamut con más poder y tras usar una técnica cannonball combinada con todo su equipo y reforzada por sus amigos vivos y muertos, logra alcanzar a Bahamut en el cielo y lo derrota. Al volver al suelo, Cloud siente la energía de Kadaj que está atacando a Rufus cuando éste revela que es él quien ha escondido a JENOVA todo el tiempo y que su silla de ruedas era en realidad una charada que le ayudaba en el ocultamiento. Rufus clama que pudo engañar a Kadaj pues éste no siente un "deber filial" hacia JENOVA, antes que ambos se lancen al vacío, Kadaj para recuperar el contenedor que ha caído y Rufus para destruirlo a balazos.
Kadaj recupera a JENOVA pese a los esfuerzos de Rufus, y con Loz y Yazoo se dirigen a Midgar mientras Cloud los persigue en su moto, mientras el resto de los personajes se reúne en la nueva aeronave de Cid. Tras una espectacular persecución por las autopistas elevadas, Cloud logra dañar a Yazoo y Loz lo suficiente para que una bomba puesta por Reno los detenga definitivamente. Cloud alcanza a Kadaj en la iglesia de Aeris donde se descubre que las flores crecen allí por la presencia de una fuente natural de corriente vital, y esa propia corriente vital emerge cuando Cloud es derrotado, en la forma de la técnica de Limit break de Aeris, Great Gospel que cura el Geoestigma de Cloud y debilita a Kadaj. El espíritu de Aeris reanima a Cloud para continuar, y éste finalmente alcanza a Kadaj, quien clama que su "Madre" (JENOVA) no lo ama tanto como a Sephiroth, pero que aun así es su madre y cumplirá sus deseos, sin embargo Kadaj descubre que el contenedor si fue alcanzado por las balas de Rufus y los restos de JENOVA fueron dañdos irremediablemente. Cloud lucha contra Kadaj y lo derrota frente a los edificios de Shinra Inc., cuando frente al último ataque de Kadaj, Cloud une todas las hojas de la espada, convirtiéndola en la First Sword y dando el golpe final Finishing Touch contra Kadaj. Éste sin embargo no se da por vencido y se sacrifica a las células de JENOVA para resucitar a Sephiroth usando su cuerpo.

El regreso de Sephiroth y la curación del Geoestigma

Sephiroth revela a Cloud su deseo de usar las almas que se han reintegrado al Flujo de Vida estando infectados con el Geoestigma, contaminando el Flujo de la Vida con odio y poniéndolo así bajo control de JENOVA para usarlo como un navío donde iniciar la búsqueda de un nuevo planeta donde puedan gobernar "Madre" (JENOVA) e "Hijo" (Sephiroth). Empieza entonces un colosal combate entre Cloud y Sephiroth, ambientado con una reescritura del tema coral One Winged Angel del juego original. Aunque la nave de Cid sobrevuela el lugar del combate y Yuffie propone usar materia para fortalecerse y apoyar a Cloud pero Vincent y Tifa descartan hacerlo, la joven explica que tras la derrota de Sephiroth, Cloud se sintió confundido y sin un futuro ya que había perdido contacto con sus emociones, pero gracias a la batalla contra la pandilla de Kadaj y su actual enfrentamiento contra el ángel monoalado finalmente se habia encontrado nuevamente a sí mismo, tras oir la explicación de Tifa, el resto decide solo observar la batalla.
En el tremendo combate ambos luchadores muestran todas sus habilidades volando de edificio en edificio y cortando todo a su paso con sus espadas. Sephiroth clama que sólo puede entregarle a Cloud la eterna desesperación como un regalo, tras lo cual se enfrentan en duelo cerrado de espadas mientras caen del edificio matriz de Shinra Inc. Cloud escapa a la cima, muy agotado para continuar, y es sorprendido por Sephiroth quien logra herirlo, asegurando que se llevará consigo aquello que Cloud pudiera considerar importante. Cloud se reanima por los recuerdos de Tifa, Denzel, Aeris y sus demás amigos y se levanta para enfrentar a Sephiroth una vez más, burlándose de él por no poder entender siquiera el verdadero significado del valor de un guerrero y restregándole el ser tan ignorante como para creer que exista algo que no sea importante. Cloud y Sephiroth vuelan al cielo donde Cloud invoca toda su energía en un ataque final, Omnilátigo Version 5 en el que separa todas las hojas de la espada alrededor de su oponente, y luego vuela tomando una cada vez para dar consecutivamente seis poderosos golpes a Sephiroth. Con el último golpe, que dispersa toda la energía vital acumulada, Sephiroth se encierra nuevamente en su ala izquierda, muy debilitado para continuar, pero prometiendo nunca llegar a ser "tan sólo un recuerdo". Sephiroth se desvanece dejando a un mortalmente herido Kadaj en su lugar. Una lluvia invocada por el espíritu de Aeris consuela a Kadaj, el joven, al oir la voz de Aeris ofreciéndole paz, decide reconocerla como la madre que siempre anheló y así entrega su espíritu al Flujo de la Vida siendo purificado y absorbido en paz. Entonces aparecen Loz y Yazoo moribundos, quienes disparan a Cloud por la espalda, negándose a rendirse. Cloud contraataca con un último esfuerzo, pero los oponentes producen una explosión al tiempo que se desvanecen por el efecto sanador de la lluvia. Los compañeros de Cloud sólo pueden observar desde la distancia la tremenda explosión y desear que esté bien.
Cloud entra en una especie de sueño en que escucha las voces de Zack, el cual murió dos años atrás por querer protegerlo de los soldados de Shinra, y también escucha la voz de Aeris. Le dicen que no debe morir aún, y éste regresa.
Cloud despierta en la iglesia de Aeris, sumergido en el lago formado por agua con corriente vital y con niños a su alrededor. Todos los que no hayan estado bajo la "lluvia" podrían venir ahora a este lago y ser curados usando esta agua. Cloud procede a curar a Denzel en una escena referente al bautismo católico, luego todos los presentes celebran el final de la historia (incluyendo a Vincent y Red XIII, usualmente lacónicos, quienes expresan su aprobación). Finalmente, Cloud ve los espíritus de Zack y Aeris en la puerta de la iglesia a la vez que Aeris le pregunta a Cloud si ya está bien, a lo cual este sonriendo indica que sí, ya que finalmente se dio cuenta de que no está solo...
Cuando se muestran los créditos al final de la película, muestran a Cloud recorriendo una carretera y también un paisaje verde en colinas, valles y montañas. Después de los créditos se muestra el lugar donde murió Zack con flores crecidas y sin la espada, muy probablemente visitado por Cloud y Denzel, ya que se escucha a Denzel preguntar "de quien era la tumba", a lo que se escucha también responder Cloud que "no es una tumba, si no el lugar donde nació el héroe", después de esta escena se muestra que la espada de Zack se encuentra clavada en el piso en la Iglesia de Aeris, muy probablemente puesta ahí por Cloud.